Elintarvikelaatuinen vetyperoksidi on desinfiointiaineiden järjestyksessä korkeatehoinen ja laaja-alainen desinfiointiaine. Koska se ei jätä haitallisia jäämiä desinfioinnin ja steriloinnin jälkeen, siitä on tullut turvallinen, vihreä ja terveellinen ruoka.
Elintarvikelaatuisen vetyperoksidin ja sen johdannaisten hydroksyylimolekyylit voivat toimia suoraan bakteerien rakenteellisella kalvolla, tuhota bakteerien läpäisevyysesteen ja tuhota materiaalitasejärjestelmän bakteerien sisä- ja ulkopuolella ja aiheuttaa kuoleman. Vetyperoksidin vapaat hydroksyylimolekyylit voivat reagoida suoraan mikro-organismien proteiinien ja nukleiinihappojen kanssa, jolloin niiden rakenne tuhoutuu ja johtaa kuolemaan.
Tutkimuksissa on myös havaittu, että vetyperoksidin hajoamistuotteet voivat estää bakteerientsyymijärjestelmää ja reagoida aminohappojen kanssa entsyymiproteiiniketjussa.